Lembaga Penjaminan Mutu (LPM) Universitas Islam Nahdlatul Ulama Jepara secara resmi terbentuk sesuai dengan terbitnya Peraturan Rektor UNISNU Nomor 027/SK/UNISNU/X/2013 tentang Struktur Organisasi dan Tata Kerja UNISNU Maret pada tanggal 02 Oktober 2013. LPM memiliki tugas pokok dan fungsi sebagai berikut: Tugas

1.	Merencanakan dan melaksanakan system penjaminan mutu secara keseluruhan di Universitas Islam Nadhatul Ulama Jepara
2.	Membuat perangkat yang diperlukan dalam rangka pelaksanaan system penjaminan mutu
3.	Memonitor pelaksaan system penjaminan mutu sampai tingkat prodi
4.	Koordinasi dengan Unit Penjaminan Mutu dalam pelaksanaan penjaminan mutu ditingkat prodi
5.	Melakukan audit dan evaluasi pelaksanaan system penjaminan mutu
6.	Melaporkan secara berkala pelakasanaan system penjaminan mutu

  Fungsi

1.	Pelatihan, konsultasi, pendampingan dan kerjasama dibidang penjaminan mutu
2.	Pengembangan system informasi penjaminan mutu
3.	Pengembangan dan pelaksanakan system penjaminan mutu yang sesuai dengan keadaan social budaya kampus
4.	Pengembangan dan pelaksanaan audit mutu internal